$install_bin_dir="/home/tripos/vmd-1.8.5/bin/";
이부분 현재 설치하고 있는 폴더의 bin 으로 변경
$install_library_dir="/home/tripos/vmd-1.8.5/lib/$install_name";
이부분 역시 현재 설치하고 있는 폴더의 lib 로 변경
나머지는 수정 안해도 될듯 하네요.